膜污染清洗方法主要包括物理清洗和化学清洗。
物理清洗
物理清洗包括间歇运行和清水反洗。MBR运行过程中，反冲洗方法是去除可逆污染，延缓膜污染的有效途径。
如在中试浸没式MBR中研究了反洗对延缓膜污染的效果，发现在相同的通量下，低频率高强度反洗比高频率清洗更能有效降低膜污染。
值得一提的是，在间歇运行期间，膜表面的污染物由于重力作用而松散脱落，在曝气作用下，效果更加明显。因此，将间歇运行与反冲洗结合可以更有效缓解膜污染。
化学清洗
物理清洗无法阻止不可逆污染的发生，必须通过化学清洗手段来恢复通量。
化学清洗包括维护清洗和强力（恢复）清洗。目前常用的清洗剂有NaClO溶液，用于去除有机污染物，柠檬酸，用于去除无机污染物等。
一般MBR供应商都有自己的强力清洗配方，主要区别是清洗剂浓度和清洗方法。
吸附剂的添加
在MBR中，混合液的成分非常复杂。为改善混合液特性，应用最多的就是向反应器内投加粉末活性炭PAC形成生物活性炭。
通过大量经验表明膜表面污染层随PAC剂量的增加而减少。不难发现，活性炭都有其吸附容量，在运行过程中很快会达到吸附饱和，不但不能缓解膜污染，甚至起到加剧作用。因此，在MBR运行中，应定期排泥，添加新鲜PAC才能有效改善MBR运行效果。与此同时，为了节约运行成本，可尝试使用低投加浓度PAC来改善MBR运行效果。结果显示，在长SRT高HRT运行条件下，低PAC投加量可以改善运行效果，并且有效地节约了成本。
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