除了采用生物法进行除磷，还可采用传统的化学方法进行除磷。最常用的化学除磷方法是前置沉淀或协同化学沉淀。当采用化学方法除磷时，常将铝盐或铁盐，有时还会混合一些聚合(高分子)电解质，投加到污水或活性污泥工艺中。后置沉淀，即在活性污泥工艺的出水中投加金属盐，一般在要求出水磷酸盐浓度小于1mgP/L时作为一种应急补救措施而加以应用。其他情况下，很少应用后置沉淀方法。
生物除磷的优点
生物法除磷的优点就是很少采用化学药剂或完全不采用化学药剂，从而节约大量资金，而且还会产生一些相关益处:
不产生化学污泥:化学除磷会产生化学污泥，反过来又会导致:
总污泥产量的增加:这会导致污泥处理、污泥排放和污泥管理费用的增加;
对脱氮产生影响:因为在活性污泥工艺中污泥量是由最终沉淀工艺的运行要求所决定的，因此总污泥体积(生物方法+化学方法)的增大会导致活性污泥反应池的增大以保证有同样数量的生物污泥。这种优势只是对采用协同沉淀时才能体现出来。在同时投加铝盐时应注意投加量，因为投加铝盐能够使污泥体积指数(SVI)显著降低。因此，即使活性污泥反应池体积或二沉池表面积增大，其值仍需保留在允许范围之内。
不会破坏剩余污泥的脱水性。当采用化学方法时，磷酸盐以带有结晶水的金属磷酸盐的形式贮存。这就在理论上解释了这些含磷酸盐的沉淀物不易进行脱水的原因。其中脱水性能的破坏程度由所采用的化学试剂的种类和剂量所决定。相反，当采用生物法除磷时，磷酸盐以不带有任何结晶水的磷酸钾或磷酸镁(聚磷酸盐)的形式贮存，故其产生的剩余污泥具有较好的脱水性。而且，SVI对污泥的脱水性有很大的影响;
降低出水中的盐度。采用化学沉淀的方法，负价离子(氯和硫)存在于水相中，导致受纳水体盐度的增加;
对硝化过程抑制较小。金属酸盐的投加会导致碱度降低。其中碱度决定混合液缓冲能力。pH的大幅降低(例如小于6.5)会抑制硝化反应;
对总氮的去除影响很小。当采用前置化学沉淀的方法时，很大一部分COD会随初沉淀泥一起被去除。因此在活性污泥工艺中，初沉池的出水就成为反硝化作用的限制性因素;
污泥肥分较高。含磷污泥是施肥和磷酸盐工业的重要资源。剩余的生物除磷含磷过量污泥因为含磷量较高，从而成为农肥的一个非常有潜力的资源来源。而且有研究已经发现，生物磷酸盐以一种所谓的“慢性”施肥方式作用于作物。磷酸盐相对较低的释放量能够增加肥料的肥力，故促进作物生长。产生于污泥处理最后一个步骤，如污泥干化或污泥焚烧的生物除磷过量污泥，比化学磷酸铁盐具有更加有益的形式。
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