生物脱氮需要控制运行过程中减少或降低污泥膨胀和流失，提高脱氮效果，主要控制几个因素：
MLSS一般应在3000mg/L以上，低于此生物脱氮效果明显降低。
氨氮负荷在硝化反应中氨氮负荷（氨氮的量实际值为有机氮与氨氮的和，也就是凯氏氮TKN）在0.05gTKN/(gMLSS•d)之下。
污泥负荷要使硝化菌良好繁殖就要增大MLSS浓度或增大曝气池容积，以降低有机负荷，从而增大污泥龄。其污泥负荷率（COD/MLSS）应小于0.10~0.15KgCOD/KgMLSS•d。
泥龄在硝化反应中，影响硝化的主要因素是硝化菌的存在和活性，因为自养型硝化菌最小比增长速度为0.21/d；而异养型好氧菌的最小比增殖速度为1.2/d。
前者比后者的比增殖速度小得多。要使硝化菌存活并占优势，要求污泥龄大于4.76d；但对于异养型好氧菌，则污泥龄只需0.8d。
在传统活性污泥法中，由于污泥龄只有2～4d，所以硝化菌不能存活并占有优势，不能完成硝化任务。
曝气池进水碳源 进入硝化池BOD5值应控制在80mg/L以下，当BOD5浓度过高，异养菌迅速繁殖，与自养菌争夺氧气，并成为优势菌种，使硝化细菌不占优势，硝化反应降低直致崩溃。
内回流（消化液回流）内回流的大小直接影响反硝化脱氮效果，内回流增大，脱氮率提高，但内回流增大增加电能消耗增加运行费。内回流比一般控制在300~500%！
消化池溶解氧DO>2mg/L，一般充足供氧DO应保持2～4mg/L，满足硝化需氧量要求，按计算氧化1gNH4+需4.57g氧。
水利停留时间硝化反应水力停留时间>6h；而反硝化水力停留时间2h，两者之比为3:1，否则脱氮效率迅速下降。
pH与碱度硝化反应过程生成HNO3使混合液pH下降，而硝化菌对pH很敏感，硝化最佳pH =8.0～8.4，为了保持适宜的PH就应采取相应措施，计算可知，使1g氨氮（NH3-N）完全硝化，约需碱度7.1g（以CaCO3计）。
反硝化过程产生的碱度（3.75g碱度/gNOx--N）可补偿硝化反应消耗碱度的一半左右。反硝化反应的最适宜pH值为6.5～7.5，大于8、小于7均不利。
温度硝化反应20～30℃，低于5℃硝化反应几乎停止；反硝化反应20～40℃，低于15℃反硝化速率迅速下降。
因此，在冬季应提高反硝化的污泥龄ts，降低负荷率，提高水力停留时间等措施保持反硝化速率。
进水浓度硝化反应是将氨态氮转化为亚硝态氮，在亚硝酸菌氧化为硝态氮。有研究表明当氨氮浓度较低时，随着浓度的增加，氨氧化速率和亚硝酸氧化速率均增加，而且亚硝酸氧化速率增长较快，当浓度增大到一定程度，反应速率均减小。
有毒有害物质有毒有害物质对于所有微生物，细菌都是致命的作用。硝化细菌也不例外。下面介绍一下有毒有害物质:有毒有害物质是指抗生素等杀菌物质，也包含影响硝化反应酶活性的物质，比如重金属及其有机化合物。尽量防止这些物质进入系统。
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